編碼規則
自1992年5月啟用，臺胞證號碼由10位阿拉伯數字和帶括號的2位阿拉伯數字或1位英文字母組成。其中前8位數字為終身號碼，緊接著的2位數為證件版本號，代表領證次數，而括號內的英文字母或阿拉伯數字則是公安部出入境管理局委託的簽發機關的代碼，主要委託外交部駐香港特派員公署、香港中國旅行社、外交部駐澳門特派員公署、澳門中國旅行社，由廣東省公安廳簽發；其他簽發地由上海市公安局、江蘇省公安廳)、福建省公安廳簽發。代表簽發機關的兩位數字與大陸居民身份證首兩位數字的規則定義相同。
自2006年5月19日起，福建、江蘇和上海等行政區公安機關簽發的5年有效臺胞證，取消了簽發機關代碼並保留了簽發次數項目；而香港、澳門地區辦證單位簽發的臺胞證號碼未作調整。
自2008年9月25日起，臺胞證號碼實行「一人一號、終身不變」，資料頁上的「號碼」欄為8位終身號碼；多次來往大陸簽注和長期居留簽註上的「通行證號碼」欄仍然為10位號碼，前8位為終身號碼，緊接2位領證次數，相當於無簽發機關代碼的舊版臺胞證號碼。
據公安部網站消息，為進一步便利台灣同胞來往大陸，提高台灣居民來往大陸通行證的簽發和查驗效率，增強證件防偽性能，公安部決定試點簽發2015版台灣居民來往大陸通行證（簡稱電子台胞證） ，自7月6日起，福建省公安機關出入境管理部門和公安部出入境管理局委託的港澳地區辦證服務單位開始受理電子台胞證的申請，同時停止受理現行本式台胞證申請。 7月1日，公安部出入境管理局負責人就啟用電子台胞證答記者問。答問全文如下：
1.和現行證件相比，電子台胞證有哪些明顯的變化？
答：電子台胞證最明顯的變化有兩個方面：一是採用了卡式證件的形式，攜帶使用更為方便；二是取消了簽注區，進一步落實了取消台胞簽注政策規定。此外，我們對卡面可視信息也作了一些調整和優化，比如取消持證人“職業”、“現住址”，將“簽發日期”和“有效期至”合併為“有效期限”，增加持證人台灣身份證姓名，卡面用英文明示證件功能，等等。希望通過這些措施，能夠為台胞使用證件提供更好的服務。當然，電子台胞證最核心的變化是嵌入了安全智能芯片。需要提醒的是，由於使用了高靈敏電子元器件，電子台胞證使用過程中應注意避免彎折、刮擦、水浸或接觸強磁場。
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